OSDev

Это не я советовал. Но уже рассказали про это. С поддержкой USB и USB-носителей на низком уровне разбираться нужно, но это долго. Остается вариант работы через BIOS. По строке "BIOS, Int 13h, AH 42h" описание EDD-функций можно легко найти в сети.

И еще одно. Как записать на флешку загрузочный сектор? Обычный дискетный способ (cp boot.bin /dev/fd0) не очень хочет работать

так же, как на жесткий диск.

Напомню, что флешка это не дискета, а жёсткий диск. Сначала логический диск нужно размонтировать командой umount. Потом с устройства прочитать первый сектор и посмотреть в нём таблицу разделов, чтобы выяснить первый сектор логического диска. В тот сектор и надо записывать загрузчик. При этом часть сектора должна остаться неизменной, иначе разметка диска пропадёт и диск будет уничтожен. Изменять можно только первые 3 байта (команда перехода jmp), и байты начиная с 90 по 510.

Copy-Paste в любом HEX-редакторе дисков. Тебе правильно посоветовали определить начало раздела из MBR флешки, чтобы знать, куда писать загрузочный сектор ФС, и не изменять (а можно переписать, но такие же) сведения о файловой системе в загрузочном секторе.

А где можно почитать про это подробнее? Мож софтинка есть, MBR подменяющая?

Попробуй использовать Grub, он и файлы сам загрузит.

Да не хочется груб... Мне ж не сама ось важна, а научиться...

Тогда набери в http://www.yandex.ru три слова
MBR таблица разделов

ну как читать сектора я разобрался...
а вот как записывать?