Просто трудно оценить полностью поведение стороннего софта, не имея на руках исходников.

В крайнем случае всегда можно использовать расширитель первичного загрузчика или полностью независимый промежуточный загрузчик.

Даже имея на руках исходники (т.е. когда, например, сам пишешь), поведение можно оценить только всесторонним тестированием софта. А тестирование само по себе никак не связано с исходниками.

А для его загрузки использовать универсальный однофайловый первичный загрузчик, т.е. возвращаемся к исходному постулату .

Расширитель может быть не "полноценным файлом" (работать с которым проще, например, для доступа к первому сектору первого кластера файла в FAT12/16 не нужно обрабатывать кластер или использовать таблицу размещения файлов) или вообще не файлом (например, содержаться в резервном кластере FAT12/16, в первом секторе резервного кластера).

Плюс ты опять возвращаешься к частностям. В большинстве ФС это в принципе не нужно, т.к. объем загрузочной записи достаточно велик.

Во всех указанных ситуациях мы отказываемся от привлекательной идеи установки копированием и возвращаемся к необходимости полноценной установки, как в линуксе. Если говорить о хранилище вне файлового пространства (зарезервированные сектора), то далеко не в любой ФС оно доступно.

А весь мир состоит из частностей. "Большинство ФС" - не всегда значит "все необходимые ФС". Пусть FAT12/16 уже не так актуальны, но Ext2/3/4 до сих пор активно используются.