http://ru.osdev.wikia.com/wiki/Программируемый_контроллер_прерываний - здесь лучше всего объяснено про режимы работы контроллера прерываний.
Как я понимаю, явный режим EOI нужен для того, чтобы низко приоритетное прерывание не прервало обработчик более приоритетного прерывания. Однако, процессор сбрасывает флаг IF при передаче управления обработчику прерывания через шлюз прерывания. Поэтому прерывание, например, от таймера никогда не прервёт обработчик прерывания от диска. Вот я и интересуюсь - может использовать неявный EOI?