1) пользоваться до перехода в защищённый режим.
2) использовать переход в реальный режим.
3) использовать программную или аппаратную эмуляцию реального режима.
4) написать драйвера и не пользоваться VESA.

и вот интересно что с этим делать?

какое прерывание обновляет монитор я не знаю, где находится таймер обновляющий монитор тоже не знаю(VGA Refresh Timer),
я бы с удовольствием написал бы свою обновлялку только не знаю как это сделать.

Видимо, обычным путем, т.е. устанавливают какой-нибудь схожий режим, а потом вносят коррективы, напрямую программируя адаптер.