Тебе надо скачать исходники gcc и скомпилировать их в подсистеме cygwin или mingw, указав параметр --target=x86_64-linux-gnu. Там ещё много параметров надо указывать, чтобы разобраться надо изучать документацию на gcc. Полезно так же в системе Linux запустить gcc -v, он покажет ключи компиляции которые были использованы при сборке. Или попробуй в установщике Cygwin в строке поиска задать x86_64, возможно уже что-то есть готовое для использования.
Я компилировал с помощью подсистемы MinGW. Тамошний gcc тоже генерит только Windows PE, но я скомпилировал GCC для Linux PE. Бинарники можно скачать здесь
https://yadi.sk/d/dMHe6g_Mdp7psСначала надо установить MinGW, потом поверх него распаковать этот архив.
Для компиляции/сборки своих программ использовать x86_64-linux-gnu-gcc.exe и x86_64-linux-gnu-ld.exe
В скрипте компиляции надо добавить
SET PATH=c:\MinGW\msys\1.0\local\bin;c:\MinGW\msys\1.0\bin;c:\MinGW\bin